El Ministerio de la Iglesia de Dios, está integrado por el mayordomo o pastor de cada iglesia. El Ministerio reunido en pleno, es la máxima autoridad. Se reúne ordinariamente 2 veces por año, en junio y diciembre. Extraordinariamente se puede reunir las veces que sea necesario.
Cuando no está reunido, la Mayordomía General, elegida por el Ministerio, es la responsable de la administración de la Iglesia a nivel nacional.
La Mayordomía General está presidida por el ministro Otto Amílcar Guerra Oliva.
En sus reuniones o concilios, el Ministerio delibera acerca de asuntos administrativos y proyectos que aviven la obra del Señor.
En cuestiones doctrinales, el Ministerio vela porque cada miembro de la Iglesia esté consciente de su responsabilidad delante de Dios, delante de la iglesia, y ante todo el mundo, de pregonar, defender y vivir la preciosa enseñanza que en cada culto aprende.
Recordemos que es deber de la Iglesia de Dios, ser luz del mundo, a través de un testimonio de santidad, de humildad, de fe, de amor.
